不少人认为，人们呼出的难闻气味是口腔疾病或早晨忘了刷牙所致。然而，现代医学已经证明很多全身性疾病，如肝、肺、肾、胃有病也会引起口臭，如果经常出现要寻找病因。
腐腥臭——肺癌。
肺部感染、支气管炎、肺脓肿、慢性气管炎、肺炎、肺气肿甚至肺癌都会引起不同程度的口臭。这些气味多由积攒于肺部的黏液所致。其中，肺脓肿患者常伴有腐酸性口臭，这类患者往往有发烧、脓性痰等，胸片检查一般能确诊;肺结核咯血、支气管扩张咯血者常出现血腥味口臭;晚期肺癌患者常于口腔及呼气中出现腐腥臭。
值得一提的是，烟民往往多有一种让人容易识别的口臭。即使不吸烟，其他人也能通过口臭判断他是个烟民。这类口臭是留存于肺部解剖死腔的烟雾随着 烟民的呼吸运动逐步呼出，产生带着“烟味”的口臭。当烟民同时患有肺部疾病时，由于死腔体积进一步增大乃至产生病理死腔，其臭味可能更为显著。
腐败味——上呼吸道疾病。
鼻窦炎、扁桃体炎和咽喉炎等上呼吸道疾病都会分泌大量含蛋白质的黏液，部分形成鼻涕，剩下的从鼻道流入口咽部。这些黏液部分黏附于舌根后部或口咽部，当蛋白质分解后，就会产生腐败味。
酸臭味——胃病。
胃幽门部狭窄或梗阻时，食物在胃内留置时间过长，会产生酸臭腐败的气味，通过口腔散发出来。反流性食管炎等胃病还可导致病理性口臭，黏附在口腔、咽喉部位的呕吐物不停释放“酸气”。通常在积极治疗胃病后，口臭能得到显著改善。
烂苹果味——糖尿病丙酮酸中毒。
当一个人血糖超标，未加控制时，体内的脂肪分解，就会产生酮体，其中的α-酮戊二酸会发出一种酸酸的烂苹果味道。当呼出这种气味时，患者体内的酮体浓度已经非常高了，接近或达到糖尿病酮症酸中毒的水平，需要及时就医，否则会有生命危险。
尿臊味——尿毒症。
尿臊味多是患有慢性肾炎或肾病的患者发出的。病程进展到慢性肾功能衰竭阶段(俗称尿毒症)时，由于无尿，某些毒性物质不能排出体外而潴留于血中，就会使病人呼出的气体散发出尿味，这是病情趋于危重的信号。
排泄物臭味——肝衰竭。
肝衰竭时，肝脏代谢能力减弱，分解毒素的能力下降，导致血氨升高，使口中出现略带甜味的排泄物臭味，又被称为“死亡的气息”。体内某些支链氨基酸代谢能力减弱，还会导致烂苹果味。
此外，还有些口臭是心理疾病所引起的，如自主神经失调导致的焦虑、失眠或某些精神疾病。